रयत शिक्षण संस्थेच्या प्रशासन व्यवस्थेचा परिचय करून घेण्यासाठी घटनेची वैशिष्ट्ये, अधिकार मंडळाची रचना व जबाबदाऱ्या, सर्वसामान्य कार्यकर्त्यांना स्थान देणारी विभागीय सल्लागार मंडळे, अर्थविषयक कारभार पद्धती इत्यादी बाबींच्या मागोवा घेणे तेवढेच महत्त्वाचे आहे.
सन १९३५ मध्ये संस्थेची घटना मंजूर झाली. संस्था रजिस्टर झाली व शिक्षण प्रसारसाठी अनेक शाखा सुरू होऊ लागल्या. कालानुरूप संस्थेच्या घटनेमध्ये आवश्यकते सकारात्मक बदल व दुरुस्त्या वेळोवेळी होत गेल्या. यामुळे संस्थेची घटना पुरेशी लवचिक बनली आहे. घटनेने अधिकार मंडळांना त्यांच्या कार्याच्या कक्षा आणि जबाबदारीच्या मर्यादा निश्चितपणे ठरवून दिले आहेत.
संस्था घटनेनुसार जनरल बॉडी, मॅनेजिंग कौन्सिल, एक्झिक्युटिव्ह कमिटी, लाईफ मेंबर, उच्च शिक्षण समिती समन्वय समिती ही संस्थेची अधिकार मंडळी आहेत तर सचिव, सहसचिव (उच्च शिक्षण), सहसचिव (माध्यमिक शिक्षण), सहसचिव (ऑडिट), विभागीय अधिकारी यांच्या अधिकारांच्या मर्यादा कार्यक्षेत्र संस्थेने निश्चित करून दिले आहे.
संस्थेची घटना ही संस्थेच्या वाटचालीबरोबरच अनुभवातून व सामाजिक परिवर्तनासाठी शिक्षण यासाठी विकसित होत आले आहे. घटनेनुसार पदाधिकारी व मॅनेजिंग कौन्सिल यांची निवड लोकशाही पद्धतीने केली जाते. संस्थेच्या जनरल बॉडीमध्ये संस्था सेवक व समाजाच्या विविध थरातील संस्थेचे हितचिंतक असलेले सुजाण व विवेकशील कार्यकर्ते तसेच कुशल आणि खंबीर नेतृत्व प्रथमपासूनच लाभल्याने आजपर्यंत सामान्यपणे संस्थेच्या निवडणुका न होता एका विचाराने परस्पर सहकार्याने एकमताने निर्णय घेण्यात आली या प्रक्रिया प्रवाहात संस्थेचे अध्यक्ष, कार्याध्यक्ष, संघटक यांचे नेतृत्व व मार्गदर्शन मोलाचे ठरत आले आहे.
या संस्थेच्या सर्व अधिकार मंडळात कार्यकर्त्यांबरोबरच संस्था सेवकांनाही पुरेसे प्रतिनिधित्व सुरुवातीपासूनच देण्यात आली आहे.
रयत शिक्षण संस्थेमध्ये शिक्षण प्रसाराचे कार्य करणारा शिक्षक हा महत्त्वाचा घटक आहे. म्हणून कर्मवीरांनी संस्थेच्या घटनेतच शिक्षकांना स्थान देऊन त्यांच्यावर जबाबदारी सोपविली आहे. संस्थेचा दैनंदिन व शैक्षणिक कारभार संस्थेच्या आजीव सभासद मंडळाकडे रहावा अशी घटनेत तरतूद केली असून या मंडळावर देखरेख करण्याचे काम मॅनेजिंग कौन्सिलवर सोपविले आहे.
१९४८ मध्ये खऱ्या अर्थाने आजीव सभासद मंडळ स्थापन झाले. संस्थेच्या दैनंदिन कारभारावर नियंत्रण ठेवणारे पदाधिकारी सचिव, सहसचिव, ऑडिटर, विभागीय अधिकारी हे संस्थेच्या शाखेत मुख्याध्यापक, प्राचार्य म्हणून काम करणारे जेष्ठ आजीव सभासदांमधून तीन वर्षासाठी निवडले जातात.
संस्थेचा प्रशासन व्यवस्थेचा आकृतीबंध हा संस्था व्यवस्थापना पासूनच विकसित होत गेला आहे. पदाधिकारी व शाखाप्रमुख यांना सहाय्यक अशा शाळा समित्या स्थानिक व्यवस्थापन समिती, महाविद्यालय विकास समिती, स्थानिक समाजाचे योगदान सतत मिळत आले आहे. रयत शिक्षण संस्था ही खऱ्या अर्थाने शिक्षकाने चाललेली संस्था आहे.
पदाधिकारी निवड:
शिक्षण संस्थेमधील कामकाजाशी आणि शासन नियम यांच्याशी ते परिचित असल्याने हे सर्व पदाधिकारी संस्थेच्या दैनंदिन कारभारावर नियंत्रण ठेवण्यात यशस्वी होतात.
प्रशासनाच्या सोयीसाठी संस्थेच्या कार्यक्षेत्राचे पाच विभाग केले आहेत:
सातारा - सोलापूर
सांगली, कोल्हापूर, रत्नागिरी, सिंधुदुर्ग, आणि बेळगाव
नगर, नाशिक, बीड, धुळे
पुणे
रायगड पूर्ण, मुंबई, ठाणे
विभागीय कार्यालय
प्रत्येक विभागाचे स्वतंत्र कार्यालय असून प्रमुख म्हणून विभागीय अधिकारी कार्यरत असतात.
संस्थेच्या मध्यवर्ती कार्यालयात १९४८ पासून स्वतंत्र ऑडिट डिपार्टमेंट आहे. या ऑडिट डिपार्टमेंट मध्ये अनुभवी व ज्येष्ठ असे ऑडिट क्लार्क ऑडिटरला सहाय्य करतात. संस्थेच्या सर्व शाखांचे वर्षातून दोन वेळा जमा खर्चाचे इंटरनल ऑडिट होते. त्यामुळे संस्थेतील शाखांचा अर्थविषयक कारभार चोख ठेवला जातो.
१९२४ साली ३० रुपयाचे अंदाजपत्रक असलेल्या संस्थेचा सन २०२५-२६ या वर्षाचा प्रत्यक्ष खर्च बहुकोटी इतका आहे. संस्थेच्या आर्थिक कारभारावर नियंत्रण ठेवण्यासाठी संस्था पातळीवर एक "अकाउंट अॅन्ड फायनान्स कमिटी" कार्यरत आहे.
"अशा वैशिष्ट्यपूर्ण कामकाज पद्धतीमुळे रयत शिक्षण संस्था ही शिक्षण क्षेत्रातली एक अत्यंत महत्त्वाची आणि आगळीवेगळी शिक्षण संस्था म्हणून समाज अत्यंत आदराने पाहतो आहे."